1 |
"""This code takes the raw waves portion of the adcp data from the splitter |
---|
2 |
and outputs pressure, range, orbital velocity and system info text files that |
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3 |
can be read into matlab. |
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4 |
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5 |
NOTE: Transducer height above bottom is hardwired into this code at .4m. |
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6 |
Need to update code in the future to be a user selected option""" |
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7 |
|
---|
8 |
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9 |
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---|
10 |
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---|
11 |
import sys, struct, math, shutil, os |
---|
12 |
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---|
13 |
try: |
---|
14 |
infileName = sys.argv[1] |
---|
15 |
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---|
16 |
except: |
---|
17 |
print 'error' |
---|
18 |
sys.exit(1) |
---|
19 |
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---|
20 |
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21 |
ifile = open(infileName, 'rb') |
---|
22 |
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---|
23 |
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24 |
thab = 0.4 |
---|
25 |
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---|
26 |
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---|
27 |
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---|
28 |
firstHeader=31103 |
---|
29 |
Header=firstHeader |
---|
30 |
while Header == firstHeader: |
---|
31 |
readFirstHeader=ifile.read(2) |
---|
32 |
if len(readFirstHeader) == 0: |
---|
33 |
print('\n End of file') |
---|
34 |
break |
---|
35 |
|
---|
36 |
pressureOfile = open('pressure', 'w') |
---|
37 |
rangeOfile = open('range', 'w') |
---|
38 |
orbitOfile = open('orbit', 'w') |
---|
39 |
sysinfoOfile = open('sysinfo', 'w') |
---|
40 |
|
---|
41 |
Header =struct.unpack('H',readFirstHeader)[0] |
---|
42 |
|
---|
43 |
if Header != 31103: |
---|
44 |
print(' \n error with file, check to see that file is a waves file') |
---|
45 |
break |
---|
46 |
|
---|
47 |
firstLeaderHeader=259 |
---|
48 |
wavePingHeader=515 |
---|
49 |
lastLeaderHeader=771 |
---|
50 |
HPRheader=1027 |
---|
51 |
|
---|
52 |
|
---|
53 |
csOffset=ifile.read(2) |
---|
54 |
csOffset=struct.unpack('H',csOffset)[0] |
---|
55 |
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---|
56 |
|
---|
57 |
spare=ifile.read(1) |
---|
58 |
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---|
59 |
readDatatypes=ifile.read(1) |
---|
60 |
datatypes=struct.unpack('B',readDatatypes)[0] |
---|
61 |
|
---|
62 |
readOffset=ifile.read(2) |
---|
63 |
offset=struct.unpack('H',readOffset)[0] |
---|
64 |
|
---|
65 |
|
---|
66 |
dataOffsetDif=offset-8 |
---|
67 |
ifile.read(dataOffsetDif) |
---|
68 |
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---|
69 |
|
---|
70 |
|
---|
71 |
|
---|
72 |
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---|
73 |
readLeaderHeader=ifile.read(2) |
---|
74 |
leaderHeader =struct.unpack('H',readLeaderHeader)[0] |
---|
75 |
|
---|
76 |
|
---|
77 |
if leaderHeader != firstLeaderHeader: |
---|
78 |
print('error with first leader header') |
---|
79 |
print hex(leaderHeader) |
---|
80 |
break |
---|
81 |
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---|
82 |
|
---|
83 |
|
---|
84 |
readFwVersion=ifile.read(2) |
---|
85 |
fwVersion=struct.unpack('H',readFwVersion)[0] |
---|
86 |
sysinfoOfile.write(str(fwVersion)) |
---|
87 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
88 |
|
---|
89 |
|
---|
90 |
ifile.read(2) |
---|
91 |
|
---|
92 |
|
---|
93 |
readNbins=ifile.read(1) |
---|
94 |
Nbins= struct.unpack('B',readNbins)[0] |
---|
95 |
sysinfoOfile.write(str(Nbins)) |
---|
96 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
97 |
|
---|
98 |
|
---|
99 |
readNumSamples=ifile.read(2) |
---|
100 |
numSamples=struct.unpack('H',readNumSamples)[0] |
---|
101 |
sysinfoOfile.write(str(numSamples)) |
---|
102 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
103 |
|
---|
104 |
|
---|
105 |
readBinLength=ifile.read(2) |
---|
106 |
binLength= struct.unpack('H',readBinLength)[0] |
---|
107 |
|
---|
108 |
binLength=binLength/100.00 |
---|
109 |
sysinfoOfile.write(str(binLength)) |
---|
110 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
111 |
|
---|
112 |
|
---|
113 |
readTBS=ifile.read(2) |
---|
114 |
TBS=struct.unpack('H',readTBS)[0] |
---|
115 |
sysinfoOfile.write(str(TBS)) |
---|
116 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
117 |
|
---|
118 |
|
---|
119 |
readTBB=ifile.read(2) |
---|
120 |
TBB=struct.unpack('H',readTBB)[0] |
---|
121 |
sysinfoOfile.write(str(TBB)) |
---|
122 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
123 |
|
---|
124 |
|
---|
125 |
readDist1=ifile.read(2) |
---|
126 |
dist1= struct.unpack('H',readDist1)[0] |
---|
127 |
|
---|
128 |
dist1=dist1/100.00 |
---|
129 |
sysinfoOfile.write(str(dist1)) |
---|
130 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
131 |
|
---|
132 |
|
---|
133 |
|
---|
134 |
readBinsOut=ifile.read(1) |
---|
135 |
binsOut= struct.unpack('B',readBinsOut)[0] |
---|
136 |
sysinfoOfile.write(str(binsOut)) |
---|
137 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
138 |
|
---|
139 |
|
---|
140 |
ifile.read(2) |
---|
141 |
|
---|
142 |
|
---|
143 |
ifile.read(16) |
---|
144 |
|
---|
145 |
|
---|
146 |
readByteList=ifile.read(16) |
---|
147 |
byteList=struct.unpack('16B',readByteList) |
---|
148 |
|
---|
149 |
def int2msbits(n, count=8): |
---|
150 |
"""returns the most-significant binary of integer n, using count number of digits""" |
---|
151 |
return "".join([str((n >> y) & 1) for y in range(0, count)]) |
---|
152 |
|
---|
153 |
bytemap = '' |
---|
154 |
bitmap = '' |
---|
155 |
for ind in range(len(byteList)): |
---|
156 |
byte = struct.pack('B', byteList[ind]) |
---|
157 |
bytemap += byte |
---|
158 |
bits = int2msbits(byteList[ind]) |
---|
159 |
bitmap += bits |
---|
160 |
|
---|
161 |
|
---|
162 |
|
---|
163 |
ind = []; |
---|
164 |
for i in range(len(bitmap)): |
---|
165 |
if bitmap[i]=='1': ind.append(i) |
---|
166 |
|
---|
167 |
|
---|
168 |
th = thab |
---|
169 |
|
---|
170 |
|
---|
171 |
hat = [dist1+(binLength*elem) for elem in ind] |
---|
172 |
|
---|
173 |
|
---|
174 |
hab = [th+elem for elem in hat] |
---|
175 |
|
---|
176 |
|
---|
177 |
|
---|
178 |
if binsOut == 4: |
---|
179 |
sysinfoOfile.write('NaN') |
---|
180 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
181 |
elif binsOut == 3: |
---|
182 |
sysinfoOfile.write('NaN') |
---|
183 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
184 |
sysinfoOfile.write('NaN') |
---|
185 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
186 |
|
---|
187 |
for value in hab: |
---|
188 |
sysinfoOfile.write(str(value)) |
---|
189 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
190 |
|
---|
191 |
|
---|
192 |
|
---|
193 |
readCentury=ifile.read(1) |
---|
194 |
century =struct.unpack('B',readCentury)[0] |
---|
195 |
|
---|
196 |
readYear=ifile.read(1) |
---|
197 |
year =struct.unpack('B',readYear)[0] |
---|
198 |
|
---|
199 |
readMonth=ifile.read(1) |
---|
200 |
month=struct.unpack('B',readMonth)[0] |
---|
201 |
|
---|
202 |
readDay=ifile.read(1) |
---|
203 |
day=struct.unpack('B',readDay)[0] |
---|
204 |
|
---|
205 |
readHour=ifile.read(1) |
---|
206 |
hour=struct.unpack('B',readHour)[0] |
---|
207 |
|
---|
208 |
readMinute=ifile.read(1) |
---|
209 |
minute=struct.unpack('B',readMinute)[0] |
---|
210 |
|
---|
211 |
readSecond=ifile.read(1) |
---|
212 |
second=struct.unpack('B',readSecond)[0] |
---|
213 |
|
---|
214 |
readHundSec=ifile.read(1) |
---|
215 |
hundSec=struct.unpack('B',readHundSec)[0] |
---|
216 |
|
---|
217 |
startTime=str(century)+str('%02d' % year)+str('%02d' % month)+str('%02d' % day)+str('%02d' % hour)+str('%02d' % minute)+str('%02d' % second)+str('%02d' % hundSec) |
---|
218 |
|
---|
219 |
|
---|
220 |
FileStamp=str('%02d' % year)+str('%02d' % month)+str('%02d' % day)+str('%02d' % hour)+str('%02d' % minute) |
---|
221 |
|
---|
222 |
sysinfoOfile.write(startTime) |
---|
223 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
224 |
|
---|
225 |
|
---|
226 |
readBurstNum=ifile.read(4) |
---|
227 |
|
---|
228 |
|
---|
229 |
readSerial=ifile.read(8) |
---|
230 |
|
---|
231 |
|
---|
232 |
readTemp=ifile.read(2) |
---|
233 |
|
---|
234 |
|
---|
235 |
|
---|
236 |
ifile.read(4) |
---|
237 |
|
---|
238 |
cs=ifile.read(2) |
---|
239 |
|
---|
240 |
|
---|
241 |
test=ifile.read(2) |
---|
242 |
test=struct.unpack('H',test)[0] |
---|
243 |
|
---|
244 |
|
---|
245 |
|
---|
246 |
|
---|
247 |
|
---|
248 |
|
---|
249 |
|
---|
250 |
|
---|
251 |
|
---|
252 |
leaderHeader = wavePingHeader |
---|
253 |
while leaderHeader == wavePingHeader: |
---|
254 |
|
---|
255 |
|
---|
256 |
|
---|
257 |
csOffset=ifile.read(2) |
---|
258 |
if len(csOffset) == 0: |
---|
259 |
print('\n End of file') |
---|
260 |
break |
---|
261 |
csOffset=struct.unpack('H',csOffset)[0] |
---|
262 |
|
---|
263 |
|
---|
264 |
|
---|
265 |
|
---|
266 |
spare=ifile.read(1) |
---|
267 |
|
---|
268 |
datatypes=ifile.read(1) |
---|
269 |
|
---|
270 |
|
---|
271 |
offset=ifile.read(2) |
---|
272 |
offset=struct.unpack('H',offset)[0] |
---|
273 |
|
---|
274 |
|
---|
275 |
dataOffsetDif=offset-8 |
---|
276 |
ifile.read(dataOffsetDif) |
---|
277 |
|
---|
278 |
|
---|
279 |
readLeaderHeader=ifile.read(2) |
---|
280 |
leaderHeader =struct.unpack('H',readLeaderHeader)[0] |
---|
281 |
|
---|
282 |
|
---|
283 |
if leaderHeader != wavePingHeader: |
---|
284 |
break |
---|
285 |
|
---|
286 |
|
---|
287 |
ifile.read(6) |
---|
288 |
|
---|
289 |
|
---|
290 |
pressure=ifile.read(4) |
---|
291 |
pressure=struct.unpack('I',pressure)[0] |
---|
292 |
|
---|
293 |
pressureOfile.write(str(pressure)) |
---|
294 |
pressureOfile.write('\n') |
---|
295 |
|
---|
296 |
|
---|
297 |
|
---|
298 |
range1=ifile.read(4) |
---|
299 |
range1=struct.unpack('I',range1)[0] |
---|
300 |
rangeOfile.write(str(range1)) |
---|
301 |
rangeOfile.write(' ') |
---|
302 |
|
---|
303 |
range2=ifile.read(4) |
---|
304 |
range2=struct.unpack('I',range2)[0] |
---|
305 |
rangeOfile.write(str(range2)) |
---|
306 |
rangeOfile.write(' ') |
---|
307 |
|
---|
308 |
range3=ifile.read(4) |
---|
309 |
range3=struct.unpack('I',range3)[0] |
---|
310 |
rangeOfile.write(str(range3)) |
---|
311 |
rangeOfile.write(' ') |
---|
312 |
|
---|
313 |
range4=ifile.read(4) |
---|
314 |
range4=struct.unpack('I',range4)[0] |
---|
315 |
rangeOfile.write(str(range4)) |
---|
316 |
rangeOfile.write('\n') |
---|
317 |
|
---|
318 |
|
---|
319 |
|
---|
320 |
|
---|
321 |
bytes=binsOut*8 |
---|
322 |
|
---|
323 |
while bytes > 0: |
---|
324 |
orbit=ifile.read(2) |
---|
325 |
orbit=struct.unpack('h',orbit)[0] |
---|
326 |
orbitOfile.write('%06d' % orbit) |
---|
327 |
orbitOfile.write(' ') |
---|
328 |
bytes=bytes-2 |
---|
329 |
|
---|
330 |
orbitOfile.write('\n') |
---|
331 |
|
---|
332 |
|
---|
333 |
|
---|
334 |
|
---|
335 |
|
---|
336 |
|
---|
337 |
|
---|
338 |
ID=ifile.read(2) |
---|
339 |
ID=struct.unpack('H',ID)[0] |
---|
340 |
|
---|
341 |
|
---|
342 |
if ID==HPRheader: |
---|
343 |
heading=ifile.read(2) |
---|
344 |
pitch=ifile.read(2) |
---|
345 |
roll=ifile.read(2) |
---|
346 |
spare=ifile.read(2) |
---|
347 |
cs=ifile.read(2) |
---|
348 |
else: |
---|
349 |
ifile.seek(-2, 1) |
---|
350 |
spare=ifile.read(2) |
---|
351 |
cs=ifile.read(2) |
---|
352 |
|
---|
353 |
|
---|
354 |
ID=ifile.read(2) |
---|
355 |
if len(ID) == 0: |
---|
356 |
break |
---|
357 |
ID=struct.unpack('H',ID)[0] |
---|
358 |
|
---|
359 |
|
---|
360 |
|
---|
361 |
|
---|
362 |
|
---|
363 |
|
---|
364 |
|
---|
365 |
if leaderHeader != lastLeaderHeader: |
---|
366 |
break |
---|
367 |
|
---|
368 |
|
---|
369 |
readAvgDepth= ifile.read(2) |
---|
370 |
avgDepth= struct.unpack('H', readAvgDepth)[0] |
---|
371 |
sysinfoOfile.write(str(avgDepth)) |
---|
372 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
373 |
|
---|
374 |
|
---|
375 |
readAvgSound=ifile.read(2) |
---|
376 |
avgSound=struct.unpack('H',readAvgSound)[0] |
---|
377 |
sysinfoOfile.write(str(avgSound)) |
---|
378 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
379 |
|
---|
380 |
|
---|
381 |
readAvgTemp=ifile.read(2) |
---|
382 |
avgTemp=struct.unpack('H',readAvgTemp)[0] |
---|
383 |
sysinfoOfile.write(str(avgTemp)) |
---|
384 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
385 |
|
---|
386 |
|
---|
387 |
readHeading= ifile.read(2) |
---|
388 |
heading= struct.unpack('H', readHeading)[0] |
---|
389 |
sysinfoOfile.write(str(heading)) |
---|
390 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
391 |
|
---|
392 |
|
---|
393 |
ifile.read(2) |
---|
394 |
|
---|
395 |
|
---|
396 |
readPitch= ifile.read(2) |
---|
397 |
pitch= struct.unpack('h', readPitch)[0] |
---|
398 |
sysinfoOfile.write(str(pitch)) |
---|
399 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
400 |
|
---|
401 |
|
---|
402 |
stdPitch=ifile.read(2) |
---|
403 |
|
---|
404 |
|
---|
405 |
readRoll= ifile.read(2) |
---|
406 |
roll= struct.unpack('h', readRoll)[0] |
---|
407 |
sysinfoOfile.write(str(roll)) |
---|
408 |
sysinfoOfile.write('\n') |
---|
409 |
|
---|
410 |
|
---|
411 |
stdRoll=ifile.read(2) |
---|
412 |
|
---|
413 |
cs=ifile.read(2) |
---|
414 |
|
---|
415 |
spare=ifile.read(2) |
---|
416 |
|
---|
417 |
|
---|
418 |
|
---|
419 |
|
---|
420 |
pressureOfile.close() |
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421 |
rangeOfile.close() |
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422 |
orbitOfile.close() |
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423 |
sysinfoOfile.close() |
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424 |
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425 |
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426 |
shutil.copy('pressure','pressure_'+FileStamp+'.txt') |
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427 |
shutil.copy('orbit','orbit_'+FileStamp+'.txt') |
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428 |
shutil.copy('range','range_'+FileStamp+'.txt') |
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429 |
shutil.copy('sysinfo','sysinfo_'+FileStamp+'.txt') |
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430 |
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431 |
os.remove('pressure') |
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432 |
os.remove('orbit') |
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433 |
os.remove('range') |
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434 |
os.remove('sysinfo') |
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435 |
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436 |
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437 |
ifile.close() |
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438 |
print 'processing complete' |
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