NCCOOS Trac Projects: Top | Web | Platforms | Processing | Viz | Sprints | Sandbox | (Wind)

Changeset 504

Show
Ignore:
Timestamp:
04/19/13 13:41:13
Author:
cbc
Message:

Successful run of gliderOptode_Generate_L1_data.m.

Files:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
Copied
Moved

  • gliderproc/trunk/gliderOptode_Generate_L1_Data.m

    r503 r504  
    9595        oxyw_temp = []; 
    9696        oxyw_dphase = []; 
    97         oxyw_bphase = []; 
    98         oxyw_rphase = []; 
    99         oxyw_bamp = []; 
    100         oxyw_bpot = []; 
    101         oxyw_ramp = []; 
    102         oxyw_rawtemp = []; 
    103         oxyw_time = []; 
    104         oxyw_installed = []; 
     97        % oxyw_bphase = []; 
     98        % oxyw_rphase = []; 
     99        % oxyw_bamp = []; 
     100        % oxyw_bpot = []; 
     101        % oxyw_ramp = []; 
     102        % oxyw_rawtemp = []; 
     103        % oxyw_time = []; 
     104        % oxyw_installed = []; 
    105105        ptime_ebd = []; 
    106106 
    …… 
    138138                        data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_dphase',... 
    139139                                             data.vars, 'exact'))]; 
    140                     oxyw_bphase = [oxyw_bphase; ... 
    141                         data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_bphase',... 
    142                                              data.vars, 'exact'))]; 
    143                     oxyw_rphase = [oxyw_rphase; ... 
    144                         data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_rphase',... 
    145                                              data.vars, 'exact'))]; 
    146                     oxyw_bamp = [oxyw_bamp; ... 
    147                         data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_bamp',... 
    148                                              data.vars, 'exact'))]; 
    149                     oxyw_bpot = [oxyw_bpot; ... 
    150                         data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_bpot',... 
    151                                              data.vars, 'exact'))]; 
    152                     oxyw_ramp = [oxyw_ramp; ... 
    153                         data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_ramp',... 
    154                                              data.vars, 'exact'))]; 
    155                     oxyw_rawtemp = [oxyw_rawtemp; ... 
    156                         data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_rawtemp',... 
    157                                              data.vars, 'exact'))]; 
    158                     oxyw_time = [oxyw_time; ... 
    159                         data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_timestamp',... 
    160                                              data.vars, 'exact'))]; 
    161                     oxyw_installed = [oxyw_installed; ... 
    162                         data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_is_installed',... 
    163                                              data.vars, 'exact'))]; 
     140                    % oxyw_bphase = [oxyw_bphase; ... 
     141                    %     data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_bphase',... 
     142                    %                          data.vars, 'exact'))]; 
     143                    % oxyw_rphase = [oxyw_rphase; ... 
     144                    %     data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_rphase',... 
     145                    %                          data.vars, 'exact'))]; 
     146                    % oxyw_bamp = [oxyw_bamp; ... 
     147                    %     data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_bamp',... 
     148                    %                          data.vars, 'exact'))]; 
     149                    % oxyw_bpot = [oxyw_bpot; ... 
     150                    %     data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_bpot',... 
     151                    %                          data.vars, 'exact'))]; 
     152                    % oxyw_ramp = [oxyw_ramp; ... 
     153                    %     data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_ramp',... 
     154                    %                          data.vars, 'exact'))]; 
     155                    % oxyw_rawtemp = [oxyw_rawtemp; ... 
     156                    %     data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_rawtemp',... 
     157                    %                          data.vars, 'exact'))]; 
     158                    % oxyw_time = [oxyw_time; ... 
     159                    %     data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_timestamp',... 
     160                    %                          data.vars, 'exact'))]; 
     161                    % oxyw_installed = [oxyw_installed; ... 
     162                    %     data.data(:,strmatch('sci_oxy3835_wphase_is_installed',... 
     163                    %                          data.vars, 'exact'))]; 
    164164                    ptime_ebd = [ptime_ebd; ... 
    165165                        data.data(:,strmatch('sci_m_present_time',... 
    …… 
    179179        oxyw_saturation = oxyw_saturation(i); 
    180180        oxyw_temp = oxyw_temp(i); 
    181         oxyw_bphase = oxyw_bphase(i); 
    182         oxyw_rphase = oxyw_rphase(i); 
    183         oxyw_bamp = oxyw_bamp(i); 
    184         oxyw_bpot = oxyw_bpot(i); 
    185         oxyw_ramp = oxyw_ramp(i); 
    186         oxyw_rawtemp = oxyw_rawtemp(i); 
    187         oxyw_time = oxyw_time(i); 
    188         oxyw_installed = oxyw_installed(i); 
     181        % oxyw_bphase = oxyw_bphase(i); 
     182        % oxyw_rphase = oxyw_rphase(i); 
     183        % oxyw_bamp = oxyw_bamp(i); 
     184        % oxyw_bpot = oxyw_bpot(i); 
     185        % oxyw_ramp = oxyw_ramp(i); 
     186        % oxyw_rawtemp = oxyw_rawtemp(i); 
     187        % oxyw_time = oxyw_time(i); 
     188        % oxyw_installed = oxyw_installed(i); 
    189189 
    190190        % apply the sort() function to ptime_oxy 
    …… 
    196196        oxyw_temp = oxyw_temp(I); 
    197197        oxyw_dphase = oxyw_dphase(I); 
    198         oxyw_bphase = oxyw_bphase(I); 
    199         oxyw_rphase = oxyw_rphase(I); 
    200         oxyw_bamp = oxyw_bamp(I); 
    201         oxyw_bpot = oxyw_bpot(I); 
    202         oxyw_ramp = oxyw_ramp(I); 
    203         oxyw_rawtemp = oxyw_rawtemp(I); 
    204         oxyw_time = oxyw_time(I); 
    205         oxyw_installed = oxyw_installed(I); 
     198        % oxyw_bphase = oxyw_bphase(I); 
     199        % oxyw_rphase = oxyw_rphase(I); 
     200        % oxyw_bamp = oxyw_bamp(I); 
     201        % oxyw_bpot = oxyw_bpot(I); 
     202        % oxyw_ramp = oxyw_ramp(I); 
     203        % oxyw_rawtemp = oxyw_rawtemp(I); 
     204        % oxyw_time = oxyw_time(I); 
     205        % oxyw_installed = oxyw_installed(I); 
    206206 
    207207        % load CTD data from existing mat file... 
    …… 
    249249 
    250250        % third, implement the pressure correction to DO concentration (page 32) 
    251         os_tspcoor = o2_tscorr .* (1 + (0.04 .* depthi ./ 1000)); 
     251        o2_tspcoor = o2_tscorr .* (1 + (0.04 .* depthi ./ 1000)); 
    252252 
    253253        % use polynomial to calculate DO satuations using the measured temp and 
    …… 
    273273        o2_sol = exp(rslt); 
    274274 
    275         o2_sat = (os_tspcoor .* 2.2414) ./ o2_sol; 
     275        o2_sat = (o2_tspcoor .* 2.2414) ./ o2_sol; 
    276276 
    277277        % convert ptime into datenum style... 
    278         ptime_ebd_datenum = ptime_ebd/3600/24+datenum(1970, 1, 1, 0, 0, 0); 
     278        ptime_ebd_datenum = (ptime_ebd/3600/24) + datenum(1970, 1, 1, 0, 0, 0); 
    279279 
    280280        % create configuration struct... 
    281281        units = struct( ... 
    282             'oxyw_oxygen', '10?6 mol/dm3', ... 
     282            'oxyw_oxygen', '10e-6 mol/dm3', ... 
    283283            'oxyw_saturation', 'percent', ... 
    284284            'oxyw_temp', 'degrees C', ... 
    285285            'oxyw_dphase', 'degrees', ... 
    286             'oxyw_bphase', 'degrees', ... 
    287             'oxyw_rphase', 'degrees', ... 
    288             'oxyw_bamp', 'mA', ... 
    289             'oxyw_bpot', 'mV', ... 
    290             'oxyw_ramp', 'mA', ... 
    291             'oxyw_rawtemp', 'degrees C', ... 
    292             'oxyw_time', 'timestamp', ... 
    293             'oxyw_installed', 'bool', ... 
     286            ... % 'oxyw_bphase', 'degrees', ... 
     287            ... % 'oxyw_rphase', 'degrees', ... 
     288            ... % 'oxyw_bamp', 'mA', ... 
     289            ... % 'oxyw_bpot', 'mV', ... 
     290            ... % 'oxyw_ramp', 'mA', ... 
     291            ... % 'oxyw_rawtemp', 'degrees C', ... 
     292            ... % 'oxyw_time', 'timestamp', ... 
     293            ... % 'oxyw_installed', 'bool', ... 
    294294            'ptime_ebd', 'seconds since 0000-01-01T00:00', ... 
    295295            'ptime_ebd_datenum', 'days since 1970-01-01T00:00', ... 
    296296            'tempi', 'degrees C', ... 
    297297            'salini', 'psu', ... 
    298             'depthi', 'decibars', ... 
    299             'o2_tcorr', '10?6 mol/dm3', ... 
    300             'o2_tscorr', '10?6 mol/dm3', ... 
    301             'o2_tspcoor', '10?6 mol/dm3', ... 
     298            'depthi', 'meters', ... 
     299            'o2_tcorr', '10e-6 mol/dm3', ... 
     300            'o2_tscorr', '10e-6 mol/dm3', ... 
     301            'o2_tspcoor', '10e-6 mol/dm3', ... 
    302302            'o2_sol', 'cm3/liter at 1031 hPa', ... 
    303             'os_sat', 'percent'); 
     303            'o2_sat', 'percent'); 
    304304         
    305305        variable_description = struct( ... 
    …… 
    308308            'oxyw_temp', 'water temperature', ... 
    309309            'oxyw_dphase', 'phase difference', ... 
    310             'oxyw_bphase', 'blue phase', ... 
    311             'oxyw_rphase', 'red phase', ... 
    312             'oxyw_bamp', 'blue current bias', ... 
    313             'oxyw_bpot', 'blue voltage bias', ... 
    314             'oxyw_ramp', 'red current bias', ... 
    315             'oxyw_rawtemp', 'raw water temperature', ... 
    316             'oxyw_time', 'optode timestampe', ... 
    317             'oxyw_installed', 'bool', ... 
    318             'ptime_ebd', 'seconds since 0000-01-01T00:00', ... 
    319             'ptime_ebd_datenum', 'days since 1970-01-01T00:00', ... 
    320             'tempi', 'degrees C', ... 
    321             'salini', 'psu', ... 
    322             'depthi', 'decibars', ... 
    323             'o2_tcorr', '10?6 mol/dm3', ... 
    324             'o2_tscorr', '10?6 mol/dm3', ... 
    325             'o2_tspcoor', '10?6 mol/dm3', ... 
    326             'o2_sol', 'cm3/liter at 1031 hPa', ... 
    327             'os_sat', 'percent'); 
     310            ... % 'oxyw_bphase', 'blue phase', ... 
     311            ... % 'oxyw_rphase', 'red phase', ... 
     312            ... % 'oxyw_bamp', 'blue current bias', ... 
     313            ... % 'oxyw_bpot', 'blue voltage bias', ... 
     314            ... % 'oxyw_ramp', 'red current bias', ... 
     315            ... % 'oxyw_rawtemp', 'raw water temperature', ... 
     316            ... % 'oxyw_time', 'optode timestampe', ... 
     317            ... % 'oxyw_installed', 'bool', ... 
     318            'ptime_ebd', 'science computer time', ... 
     319            'ptime_ebd_datenum', 'science computer date', ... 
     320            'tempi', 'interpolated CTD water temperature', ... 
     321            'salini', 'interpoloted CTD salinity', ... 
     322            'depthi', 'interpolated CTD depth', ... 
     323            'o2_tcorr', 'temperature corrected dissolved oxygen', ... 
     324            'o2_tscorr', 'temperature and salinity corrected dissolved oxygen', ... 
     325            'o2_tspcoor', 'temperature, salinity, and pressure corrected dissolved oxygen', ... 
     326            'o2_sol', 'corrected oxygen solubility', ... 
     327            'o2_sat', 'corrected oxygen saturation'); 
    328328 
    329329        correction_coefficients = struct('C0coef', C0coef, ... 
    …… 
    337337                        'start_date', strStartDate,... 
    338338                        'end_date', strEndDate,... 
    339                         'correction_coefficients', correction_parameters,... 
     339                        'correction_coefficients', correction_coefficients,... 
    340340                        'var_descriptions', variable_description,... 
    341341                        'var_units', units); 
    …… 
    351351             'oxyw_temp', ... 
    352352             'oxyw_dphase', ... 
    353              'oxyw_bphase', ... 
    354              'oxyw_rphase', ... 
    355              'oxyw_bamp', ... 
    356              'oxyw_bpot', ... 
    357              'oxyw_ramp', ... 
    358              'oxyw_rawtemp', ... 
    359              'oxyw_time', ... 
    360              'oxyw_installed', ... 
     353             ... % 'oxyw_bphase', ... 
     354             ... % 'oxyw_rphase', ... 
     355             ... % 'oxyw_bamp', ... 
     356             ... % 'oxyw_bpot', ... 
     357             ... % 'oxyw_ramp', ... 
     358             ... % 'oxyw_rawtemp', ... 
     359             ... % 'oxyw_time', ... 
     360             ... % 'oxyw_installed', ... 
    361361             'ptime_ebd', ... 
    362362             'ptime_ebd_datenum', ... 
    …… 
    368368             'o2_tspcoor', ... 
    369369             'o2_sol', ... 
    370              'os_sat'); 
     370             'o2_sat'); 
    371371 
    372372    end